Northern Blot(又称Northern印迹杂交)是一种实验技术,用于检测特定RNA序列,通常用于研究基因表达,是分析mRNA最常用的经典方法。这项技术可以观察RNA的性质、大小和丰度,从而更加深入地了解基因表达水平。本文将分享Northern Blot的实验原理以及实验流程,赶快来学习吧!
一、Northern Blot原理
在变性条件下,将待检的RNA样品进行琼脂糖凝胶电泳,然后将其转移到硝酸纤维素薄膜或尼龙膜上,在固定后与同位素或其他标记物标记的RNA探针反应。
二、Northern Blot实验流程
需要准备的试剂:
(一)RNA样品的提取
获得高质量完整的RNA是进行Northern Blot的关键步骤。可以使用Trizol法提取或使用相应的RNA分离试剂盒进行提取。
(二)RNA样品的制备
取适量总RNA,加入 5×甲醛凝胶电泳缓冲液、37%甲醛、甲酰胺,65℃温育15分钟,冰浴5分钟。加入1μg/μL EB和上样缓冲液。
(三)凝胶的制备
取0.2g琼脂糖,加入12.4mL DEPC水,加热熔化,于55℃保温状态下加入4mL 5×甲醛凝胶电泳缓冲液、3.6mL 37%甲醛,混匀、制胶。待凝胶固化后,置于1×甲醛凝胶电泳缓冲液中进行预电泳5分钟。
(四)电泳
上样,电泳。电泳结束后,将凝胶块放置在紫外灯下,观察RNA的完整性,使用扫胶仪记录18S和28S条带的位置。
(五)转移
将RNA从凝胶块转移到硝酸纤维素膜或尼龙膜上。可采用毛细转移法或电转移法。
(六)固定膜
将膜放置于80℃下真空干燥1-2小时。干燥后的膜用塑料袋密封,保存在4℃备用。也可以使用紫外线照射进行固定。
(七)杂交和洗膜
(1)探针标记:
取适量模板DNA变性后,与dNTP混合液、BSA、5×缓冲液、Klenow酶、α-32P-dCTP以及适量dd H2O,轻轻混匀。室温下反应1小时。
(2)预杂交:将膜的反面紧贴杂交瓶,加入预杂交液,预杂交3小时。
(3)杂交:将变性的探针(95-100 ℃变性5 分钟,冰浴5 分钟)加入到预杂交液中,42 ℃杂交16小时。
(4)洗膜:洗涤膜以去除非特异性杂交。
(八)检测
将膜用清水漂洗片刻,用滤纸吸去膜上水份。用薄型塑料纸将膜包好,置于暗盒中,在暗室中压上X光片。暗盒置-70 ℃放射自显影3~7天左右。
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